na node_modules (teda stejné to je i s javou) velice dobře funguje zfs deduplikace, sice to zaplácá paměť, ale té je vždy hafo.
3000TBW u SSD je už dobré číslo a to určitě rok, dva vydrží při plné zátěži. Pořád ale nevidím důvod k mirroru. Artefakty máš stejně v nějakém repositáři, balíčky z internetu musíš mít také ideálně na nějakém svém (třeba cachující Nexus), pak druhý nvme může sloužit buď jako spare disk nebo naopak přes to můžeš balancovat, pokud jeden umře, práci přesuneš na druhý.
Co by ne, klidně měj staticky vygenerovaný node_modules a ten si mountuj, otázka je, kolik různých sestavení máš, jak často dělá aktualizace, jestli řešíš integritu node_modules a kdo se stará o jeho udržování. Za mě je lepší to dělat načistoto a vždy projít celým procesem, ideálně nestahovat rovnou nic z internetu, ale mít vše u sebe, abys to mohlo kontrolovat a případně fixovat.