No vždyť to zjevně podle formulaci otázky už víte, ne?
MFF - o dost víc matematiky a teoretické informatiky
FIT - víc praktický
Já jsem matfyzák informatik, přes 20 let po škole. V podstatě přinutili nás tam naučit se programovat docela dobře v C a seznámit se u Unixem opět včetně programování v C. Pak úplné základy databází, ale třeba synek na střední (Úžlabina) už umí z databází víc než já tehdy. Cokoliv navíc z těch praktických věcí už bylo za nás trochu navíc, volitelné. Já jsem se třeba na škole naučil Javu, Win32 API, trochu C++ a trochu asembler. A jinak tam byla spousta matiky a teoretické informatiky. Grafy, vyčíslitelnost, složitost (včetně dost teoretických záležitostí), algoritmy, logika, teorie množin, algebra, analýza, počítačová lingvistika, pravděpodobnost, statistika ... Pak tam byly slušné základy umělé inteligence, neuronových sítí, ale opět dost směrem k teorii.
Z FITu mám dost mladších kolegů v práci, samozřejmě té teorie tam je MNOHEM méně, ale zase o to víc praxe.
Prostě pokud třeba chcete umět dobře git nebo spring nebo rozumět https a nechcete se to učit sami bokem nebo aspoň na volitelných přednáškách, tak jděte na FIT. Pokud chcete pochopit, že nejde všechno, co je pravda, formálně dokázat (ani v matematice) nebo pochopit, jak se na sebe v polynomiáním čase dají převést různé úlohy a nebo prostě budete potřebovat matematiku, tak jděte na MFF.
Z FITu nezískáte tak velký nadhled, na MFF se nějaké věci budete muset doučit sami bokem, pokud chcete nakonec stejně programovat.