PHP se často kvůli výkonu cachuje. Možná používaš cache, která změny nereflektuje vůbec, nebo až se zpožděním, nebo pří každé změně, ale z nějakého důvodu nepozná, že se soubor změnil (třeba ten mount špatně indikuje datum změny souboru).
Zkus se podívat, jestli máš v php.ini nastaveno opcache.enable = 1 a pokud jo, tak to změň na 0 (nebo jinak tu konfiguraci polaď) a restartuj PHP/Apache.