Pánové moc díky za Vaše rady a nápady, které jste mi poskytli.
On ten Integrační framework od SAPu je taková parní lokomotiva

a ne všechno tam funguje standardně.
Každopádně si nejsem jist, zda mohu 'apply-templates' použít uvnitř volané template.
<xsl:template match="/">
<vpf:Msg>
<xsl:copy-of select="/vpf:Msg/@*"></xsl:copy-of>
<xsl:copy-of select="/vpf:Msg/vpf:Header"></xsl:copy-of>
<vpf:Body>
<xsl:copy-of select="/vpf:Msg/vpf:Body/*"></xsl:copy-of>
<vpf:Payload Role="X" id="{$atom}">
<xsl:call-template name="transform"></xsl:call-template>
</vpf:Payload>
</vpf:Body>
</vpf:Msg>
</xsl:template>
<xsl:template name="transform">
....
....
.....
<xsl:template match="/">
<Pack>
<xsl:apply-templates select="/vpf:Msg/vpf:Body/vpf:Payload[@id='CallSQL']/jdbc:ResultSets/jdbc:ResultSet[3]/jdbc:Row"></xsl:apply-templates>
</Pack>
</xsl:template>
</xsl:template>