Certifikát s tím nesouvisí, to je chyba, kterou budete řešit až jako další.
Proč do toho vrtáte, když o tom nic nevíte? Vy to nějak rozchodíte, ale zítra to něco napadne a v lepším případě budete dva roky rozesílat spam. Lidé jako vy jsou hrozným prokletím. Auto jste si také zkoušel postavit vlastní? Prošlo technickou?
Nápad:
Nemůže být problém v tom, že nemám pro každého hosta vlastní SSL certifikát, ale používá se nějaký výchozí?
Hned v úvodu příspěvku píšu, že jde o virtuální stroj, doplním tedy: Virtualbox, není to produkční server, ale vývojový, určený jednak pro tvorbu webů a jednak pro to, abych se naučil i něco nového. Já chápu, že vy se nic učit nemusíte, stačí vám lusknout prstem a můžete jít operovat na neurochirurgii, ale my méně šťastní se učíme, zkoušíme, děláme při tom chyby a když něco nevíme, nebojíme se zeptat.
Takže věřím, že problematice plně rozumíte a jsem rád za takové odborníky, ale zároveň nestojím o vaši radu, ostatně kdyby jste radit chtěl, tak byste nenapsal tak arogantní nesmysl.
Ještě další detail. Povolil jste ten druhý virtuál? Pomocí a2ensite resp. symlinkem z /etc/apache2/sites-available do /etc/apache2/sites-enabled? A reloadem Apache.
PS: to je hlavní důvod, proč se dělají konfigurační soubory per virtuál: aby se daly jednoduše vypínat/zapínat.
Ano i v sites-enabled oba virtuály povoleny jsou. Mne právě trochu zaráží, že se to chová jako by bylo vše nastaveno v pořádku a nikde nevidím, že by se to vzájemně nějak "bilo". Očekával bych, že tam bude nějaké hlášení chyby, když bude něco v nepořádku.