Nevím, co myslíte tím „server na doméně“. Znamená to, že server přijímá e-maily pro danou doménu, nebo jde o jméno toho serveru? Každopádně je to naprosto běžné, v případě pojmenování serverů by naopak bylo hodně nestandardní pojmenovat server jenom doménou druhého řádu. Z hlediska konfigurace je úplně jedno, z kolika částí se doménové jméno skládá.