1. verzování kódu, 2. deployment, 3. verzování databáze, 4....
3 Tě asi ani tolik netrápí, protože po těch letech asi měníš strukturu tabulek minimálně. Můžeš něco jako číslované sql s ALTER TABLE (i když lepší je, když jsou změnové příkazy generované z nějakého popisu výsledné struktury - já to znám jen pro Python/Django, ale snad už je něco i pro PHP - jenže jak říkám, při minimálních změnách to není priorita).
1 a 2 bych rozhodně obojí začal Gitem (v ostatních odpovědích si "nebo jiný verzovací systém" škrtni). Git se Ti hodí jako základ elementárního vzdělání, zálohování, přesuny mezi počítači (a tím i deployment, i když se tomu někdo bude smát), případně vývojové větve nebo vracení ke starému stavu.
Založíš si tzv.repozitář na Gitlabu (pro private projekt) nebo Githubu (pro opensource) <-tato volba není dogma, na rozdíl od výše zmíněné volby Gitu.
git clone <tvůj-projekt> (tenhle příkaz si zkopíruješ z Githubu/Gitlabu) - tím si to nahraješ na kteroukoli svou mašinu.
A když už ty zdrojáky někde máš, tak v dalším kroku je nakopíruj (jen jednou, napoprvé!, na první mašině) do toho naklonovaného adresáře.
git status - Ti řekne, které soubory se odminule změnily (po předchozí akci to tedy bude milión souborů)
git diff - Ti řekne, co se zmenilo v jednotlivých souborech
úpravou souboru .gitignore odstraníš z "git status" všechny soubory, které sledovat/zálohovat/přenášet nechceš (soubory s hesly,tokeny)
git add . - všechny soubory naplánuješ, že se zapíší do příští dávky změn (místo tečky můžeš uvádět jednotlivé soubory)
git commit -m "popis/název další dávky změn" - zapíšeš dávku změn
git push - odešleš všechny commity na server Github/Gitlab
git pull - na kterékoli jiné mašině si takto stáhneš všechny změny z jiných mašin. Tím máš tedy vyřešen i ten deployment, samozřejmě musíš mít na to otevřené příslušné porty, řekl bych 443, když jsi klonoval s https, nebo 22, když jsi klonoval s ssh (což je lepší).
Jo a taky to takhle půjde asi jen na VPS, jestli jedeš na obyč. hostingu (nemáš VPS) budeš potřebovat nějaký jiný nástroj na nakopírování pouze změn. Pro ftp a Git je např. Gitftp. Když už teda jsi byl u toho Ftp, což ale není právě perspektivní protokol. Pro ssh si vhodný nástroj musíš najít nebo někdo poradí.
git log -n 10 - prohlédneš historii (nebo si přidej nějaký nástroj: gitk, tig, ..)
No a to je vše. Jestli používáš Windows, možná se to tam nepatrně liší (s těma "tečkama"?).
Časem se zlepši tak, že začneš používat větve/branch.
git branch - ukáže Ti, jaké větve máš (než se s tímto rozjedeš, bude to jen "master").
git checkout -b <pojmenování-větve> - na vývojářské mašině si takhle založ větev a commitama v ní směřuj třeba k dotvoření nějaké nové vlastnosti.
Dál už se přepínáš bez -b:
git checkout <pojmenování-větve> - když chceš dělat na té nové vlastnosti (commity a pushe se Ti nemíchají do master)
git checkout master - když chceš dělat na tom, co máš nasazeno (třeba drobnou opravu chyby)
git merge <pojmenování-větve> - novou větev jsi dodělal a celou ji bereš do "hlavního vývoje"