Mně se osvědčil Borg Backup, umí svůj repo šifrovat, komprimovat a deduplikovat. Je to šikovné, málo místa to zabere a mám obrovský archiv záloh v čase.
Toto repo se dá vytvořit lokálně (druhý disk, druhá místní mašina) a soubory, co v repozitáři vzniknou (komprimované, deduplikované) se dají synchronizovat prakticky čímkoliv. Na synchronizaci pak stačí třeba rsync, nebo i curl.