Jestli ti jde o zabezpečení, aby uživatel neviděl tvuj js kod, tak si stejně nepomůžeš. Hned druhá nejjednodušší možnost, jak se k js kódu dostat, je otevřít vývojářskou konzoli. Spíš bych zvolil cestu obfuskace. Když někdo bude chtít, tak ten kód stejně rozlouská, ale je tu šance, že mu bude líto času a vykašle se na to.
Edit: a v případě, že chceš mít jiný js pro dva různý klienty, neni lepší mít dva různý js soubory?