RowId je innodb vždy, i když je definován primární klíč, akorát neviditelně. Pokud je definován unique klíč a ne primární klíč, je clusterován ten unique klíč - ale tady jsme se bavili o rozdílu složený versus jednoduchý pkey. Deklarace tedy zabere více místa na disku (a tedy i v paměti).
Co se týče vyhledání dat, tak ta se budou vždy vyhledávat podle indexu a zajímat nás budou pouze data z indexu, takže je vyhledávání stejně rychlé s existencí i bez existence autoinkrementního políčka (v Mysql).
Co je výhodnější pro updaty je ale vlastně otázka, protože sice update clusterovaného indexu je jednodušší s jednoduchým klíčem, ale zas tam je o index navíc...