Děje se to přímo na koncovém bodu tunelu, nebo až na dalším počítači? Skutečně to vypadá na problém s nefunkční Path MTU Discovery. Doporučuji sledovat wiresharkem, co chodí v tunelu. Pokud to občas chodí a občas ne, je možné, že někdo v cestě mezi koncem tunelu na straně HE a Seznamem částečně filtruje ICMPv6 zprávy.
Jako workaround pro TCP spojení by mělo pomoci na odchozím směru nakonfigurovat MSS clamping na hodnotu MTU tunelu, nebo snížit hodnotu MTU v celé síti.
EDIT: Na mém koncovém bodu tunelu od HE to funguje bez problému.