Takýto skriptík mám v crone:<?php
$result = mysql_query("SELECT TABLE_SCHEMA, TABLE_NAME FROM information_schema.TABLES WHERE DATA_FREE >0 AND ENGINE = 'myisam'");
while ($row = mysql_fetch_assoc($result)) {
mysql_query(sprintf("OPTIMIZE TABLE `%s`.`%s`", $row['TABLE_SCHEMA'], $row['TABLE_NAME']));
}
Ovšem ak nechcete stále optimalizovať a nevyužívate featurky špecifické pre myisam, extistuje ešte InnoDB.