Myslím, že smysl to má. Nastavíš si USE flagy, tak jak potřebuješ, v kernelu se také povolí jen to co je potřeba.
Na druhou stranu ale uznávám, že chce často aktualizovat, ideálně tak týdně. Pokud to necháš být delší dobu, je dost složité pak to srovnat.