Mám možnost porovnat všechny tři školy z více pohledů. Opravdu záleží na tom, jakou máš představu o budoucím uplatnění sebe sama. Pokud se chceš zabývat teorií algoritmů, postupy a řešit to matematicky, musím přitakat k výše napsanému MFF. Ne že by ostatní fakulty teorii neměly a nezabývaly se jí, ale řeší ji více na úrovni konkrétnějších řešení a ne tolik do hloubky.
Co se týče FELu, tak na něm se mi nelíbí jeho primární vyhraněnost na Javu. V Javě je mnoho algoritmů a další součástí implicitně dodáváno a tedy algoritmizace dle mého názoru není úplně o tom, o čem by být měla. FEL z mého úhlu pohledu vychovává v tomto ohledu "bušiče kódu". Jako plus však musím uvést jeho HW složku a také výuku humanitních a dalších podobných věd. Takže hardwarář nebo manažer.
Na FITu se mi líbí velká variabilita volby a vlastního profilování. Jako základní jazyk je bráno C/C++ a tedy základ pro většinu dnes používaných jazyků. Člověk si sáhne na takový "základ" programování (práce s pamětí apod.). FIT, pokud nechceš mít dobrovolně přehled, tě narodíl od FELu dle mého naučí mít přehled o používaných jazycích a technologiích. Alespoň zběžně. Mínusem jsou bohužel humanitní předměty dotované kapacitami z FELu. Také ne každému bude vyhovovat onen přehled technologií a raději se zaměří rovnou konkrétním směrem.