U obou těhle řešení je problém s virtálními usery i adresáři
Za prvé to nijak nesouvisí s protokolem, virtuální uživatelé i adresáře jsou věcí implementace. Za druhé to, že vy s tím máte nějaký nespecifikovaný problém, neznamená, že je s tím problém obecně – spousta uživatelů s tím žádné problémy nemá.
navíc rozchodit to (na rozdíl od FTP) není úplně jednoduché
Rozchodit co? SFTP server jsem nerozcházel, funguje mi automaticky jenom tím, že jsem zprovoznil SSH server.
Navíc se to dělí o číslo portu s nadřazeným protokolem (porty 22 a 80).
Použijí se porty, jaké nakonfigurujete.
Já žádnou plnohodnotnou náhradu (prostě protokol, určený primárně k obousměrnému přenosu souborů v internetu) nenašel.
SFTP, HTTP(S), HTTP(S)+WebDAV, rsync, OpenStack Shared File Systems API, OpenStack Object Storage API, různá API cloudových úložišť (DropBox, OneDrive, Google Drive)…
Nenapsal jste, jaký problém řešíte, takže vám s ním těžko někdo poradí…