Hm, zkoušel jste to dát do /etc/rc.local ?
Případně bych zkusil ve skriptu /lib/udev/hdparm přesměrovat výstup někam do logu.
# nahraďte řádek
/sbin/hdparm $OPTIONS $DEVNAME 2>/dev/null
# třeba tímto
/sbin/hdparm $OPTIONS $DEVNAME 2>/var/log/hdparm.log
restartovat a log zkontrolovat zda nebudete moudřejší.
Případně zkontrolujte co vypíše toto:
udevadm test /sys/class/block/sda
Bohužel vařím z vody, protože nemám debian ani disk který by podporoval apm.