Před časem sem řešil něco podobného v Javě, pomocí iText 2.1.7. Původní PDF formulář se načte jako jedna vrstva a do další se pak printí vyplňované hodnoty na zadané souřadnice a výsledek se vysype jako PDF. Podkladový formulář je originál od zdroje, texty se vpisují TTF fontem, absolutně není důvod se obávat výsledné kvality tisku.
Nevím jak si myslel to odměřování pravítkem, ale mě se osvědčilo převést si to na bitmapu nebo si to otevřít v prohlížečce PDF, která ve statusbaru ukazuje okamžitou polohu kursoru (nebo ještě lépe najít něco co ti to na klik hodí do clipboardu), tu prostě jen opíšeš, v podstatě to není nijak výrazně pracnější než kdybys měl někde seznam polí a opisoval do kódu místo souřadnic jejich názvy.
Pokud takto zpracováváš různé formuláře z různých zdrojů, je potřeba si uvědomit, že PDF je obecně tiskový formát - popis křivek a čar, čili pro nějakou automatizaci bys mohl maximálně vyrobit něco, co bude detekovat obdélníky a vypisovat souřadnice levého dolního rohu. Problém je, že někdo má ve formulářích obdélníky, někdo obdélníky s kulatými rohy, někdo jen linky pro umístění textu, čili bys ten nástroj co ti vysype seznam souřadnic musel upravovat pro každý formulář, což by pracností značně převýšilo jejich získání ručně, to by mohlo mít smysl maximálně u instituce co má haldu formulářů v typizovaném vzhledu jako třeba Finanční Úřad.
To s tím HTML je skutečně úplná ptákovina, vytvořit v HTML + CSS identicky vypadající formulář je řádově pracnější než odečíst pozice jednotlivých polí.