Mam rovnaky problem na Centose 7, ntpd musim po restarte spustat rucne (sluzba povolena je). Nainstaloval som Monit, v konfiguracii monitorovanej sluzby to vsak pozaduje odkaz na pid subor, ktory vsak v systeme nie je (demon, ale bezi). Je to defaultna instalacia ntpd z oficialneho repo, v konfiguracii som menil iba nadradene ntp servery.