Jako již dlouholetý student MFF UK bych řekl, že na téhle škole se můžete OS Windows vyhnout téměř úplně, pokud je vám libo. Je pravda, že třeba některé předměty zabývající se C++ se primárně dělají v MSVS, ale pokud vím, stále nejsou povinné, jen povinně-volitelné, tudíž vás nikdo nenutí je zapisovat. V prváku se bere C#, ale cílem toho předmětu je naučit algoritmizaci, ne ten jazyk, takže to přežijete :-).
Je fakt, že pokud byste se rozhodl pro obor Programování, budete mít možná problém, jelikož je stále myslím potřeba absolvovat dva jazyky z množiny {C++, C#, Java}, kde první dva se primárně učí na Windows. Na druhou stranu si myslím, že i tady můžete dosáhnout jistých ústupků tím, že se prostě dohodnete s cvičícím a budete si úkoly řešit na svém stroji (nebo na školním stroji s Linuxem). Problémem mohou být zápočtové testy z C++ a C#, které jsou myslím striktně vázané na Windows.
Jinak mi přijde, že (ale to už tu psalo víc lidí) si VŠ představujete jako sérii velmi praktických kurzů. U MFF je to spíše naopak. Ne že by neexistovaly praktické předměty, ale pokud nechcete, zas tolik se nenaprogramujete (aspoň na bakalářském studiu ne). Tady je to hodně o přístupu studenta – tzn. pokud vás to baví, nikdo vám nebude bránit programovat hodně. Vezměte si, že cílem VŠ by mělo být, alespoň dle mé představy, poskytnutí vzdělání poměrně široké skupině lidí, takže dát mezi povinné předměty tvorbu ovladačů jádra ve Windows, kurz Windows API, kurz programování mikrokontrolerů a ostřejšího systémového programování jaksi nejde.
Je pravda, že Linuxu se na MFF vyhnout nedá. Používá se snad na většině informatických kateder a z nich pocházející vyučující obvykle domácí úkoly na tomto OS testují. A takové předměy se nedají nezapsat (na rozdíl třeba od povinného Úvodu do UNIXu, žádná povinná alternativa pro MS fans neexistuje).
Můj pocit z MFF je takový, že povinná část předmětů (což jsou obvykle ty teoretičtější) nevyžaduje se více plácat ve Windows, protože to není jejím cílem. A pak jsou tu specializované předměty, kde se třeba bez Windows neobejdete a nepomůže ani dohoda s cvičícím (přednášejícím je to obvykle jedno, neb zkoušky obvykle nejsou praktické), ale ty povinné nejsou.
Vaši silnou neochotu ohledně Microsoftu a k Windows příliš nechápu. Neříkám, že je třeba umět všechno perfektně, ale hodí se mít nějaké základní znalosti. Mě třeba baví tvořit v jádru Windows, ale to neznamená, že nemám základní znalosti o tvorbě na webu (a ano, i Linuxu), takže si +- dokážu udělat, co potřebuji. Zajímalo by mě, z čeho tato averze k MS a k Windows pramení :-). Ale nechci začínat flame.