Standard je, že se to administruje přes terminál (přes SSH). Případně tam můžete mít nainstalovaný nějaký software pro vzdálenou administraci přes web, např. Plesk. Nainstalovat si tam nějaké desktopové prostředí a k němu se vzdáleně připojovat by asi také teoreticky šlo, ale nikdy jsem neslyšel o tom, že by to tak někdo používal.
Pozor na to, že jsou různé způsoby, jak je ta virtualizace řešená, a ne každý způsob vám umožní rozběhnout uvnitř další virtualizaci, navíc ještě s Windows. Pro tohle využití by byl lepší fyzický server, kde takovéhle omezení mít nebudete.