Pokud ten soubor jen má "popletená" metadata, tak by to mohl opravit chkdsk (pokud používáš Windows). Ale nemyslím si, že by se toto projevilo na celkovém využití disku, možná z nějakého důvodu je ten soubor opravdu tak velký.
A samozřejmě je vždycky možnost, že příčinou je větší problém s diskem, tak zazálohuj, než do toho budeš vrtat.