Myslím, že se tady najde i několik odborníků - řeším oživení a "BSP" pro projekt odvozený od Arduino DUE desky.
TLDR: Nefunguje mi zápis do PIO výstupů paralelně, jen skrze set/clear registry. Hodiny pro perfierii jsem povolil.
Relevantní kusy kódu:
#define config_pio_out( port, bits ) \
    port->PIO_PER  = bits; \
    port->PIO_OER  = bits; \
    port->PIO_PUDR = bits;
#define update_pio( port, bits, enable ) \
    if (enable) { \
        port->PIO_SODR = bits; \
    } else { \
        port->PIO_CODR = bits; \
    }
/*
    OCRX[8:1] = PC[27:20]
    OCTX[8:1] = PD[7:0]
*/
#define OPTO_TX_DEFAULT         0x00
#define OPTO_TX_OFFS    0
#define OPTO_TX_MASK    ( PIO_PD7 \
                        | PIO_PD6 \
                        | PIO_PD5 \
                        | PIO_PD4 \
                        | PIO_PD3 \
                        | PIO_PD2 \
                        | PIO_PD1 \
                        | PIO_PD0 )
void config_digital_out(void) {
    // for ODSR to work?
    PMC->PMC_PCER0 = 1 << ID_PIOD;
    // classic
    config_pio_out( PIOD, OPTO_TX_MASK );
    update_digital_out( OPTO_TX_DEFAULT );
}
void update_digital_out( unsigned bits ) {
    #if 1
        PIOD->PIO_ODSR = ( PIOD->PIO_ODSR & ~(OPTO_TX_MASK) )
                       | ( (bits<<OPTO_TX_OFFS) & (OPTO_TX_MASK) );
    #else
        update_pio( PIOD, PIO_PD7, bits & BIT(7) );
        update_pio( PIOD, PIO_PD6, bits & BIT(6) );
        update_pio( PIOD, PIO_PD5, bits & BIT(5) );
        update_pio( PIOD, PIO_PD4, bits & BIT(4) );
        update_pio( PIOD, PIO_PD3, bits & BIT(3) );
        update_pio( PIOD, PIO_PD2, bits & BIT(2) );
        update_pio( PIOD, PIO_PD1, bits & BIT(1) );
        update_pio( PIOD, PIO_PD0, bits & BIT(0) );
    #endif
}a
// ./system/CMSIS/Device/ATMEL/sam.h
#include <sam.h>
#include <libsam/include/pmc.h>
:
int main( int argc, char *argv[] ) {
    /* Initilize the SAM3 system */
    SystemInit();
    config_digital_out();
    while(1) {
        static unsigned n = 0;
        n = ( n + 1 ) & 0xFF;
        update_digital_out( n );
    }
    return 0;
}Po zmene #if 1 na #if 0 v update_digital_out(), se generuje pattern s frekvenci ktera je polovina/dvojnasobek kazdym dalsim bitem, pri pouziti ODSR se ale nic nedeje, vsechny piny jsou v nule. Mam tam nejaky preklep nekde? Nebo to co chci nejde udelat? Nebo jsem jen na neco dalsiho zapomnel? Nebo snad nejaka errata? 

Kod pro SAM3X8E cpu jsem vzal z Arduino gitu: 
https://github.com/arduino/ArduinoCore-sam ale builduji si aplikaci uz mimo IDE, linkuji to skrze linker script a .a pro tu systemovou knihovnu z Arduina.
Ostatni veci funguji (jako SystemInit a pak mam i SysTick_Config a na nej navazany delay_ms, jen ten IO port ne a nevim kde je chyba - s temito mcu nedelam.
Arduino samotne nema IO primitiva na ovladani portu timto stylem, a hodiny pro periferii povoluje jen kdyz na portu je alespon jeden pin jako vstup (asi kvuli glitch filtru a prerusenim).