S těmi log soubory manipuluje (přejmenovává, komprimuje, maže,...) výše zmíněný logrotate. V jeho konfiguračních souborech /etc/logrotate.conf, /etc/logrotate.d/* (openSUSE, ale jinde to asi bude stejné nebo podobné) je dané, co a s kterými soubory dělá.
Když ty soubory smažeš, nic vážného se nestane.