Případně lze použít sudo a nastavit ho tak, aby šlo použít (třeba omezeně) bez hesla.
Bezpečnostní dopad je otázkou, ale oproti přímému použití roota se nejspíš nic nezhorší.
Koncepčně vidím problém v tom, že ta aplikace vypadá jako takový kočkopes. Pokud to dobře chápu, skládá se ze serveru (ten má běžet furt) a GUI (to se spustí až po přihlášení), ale ve skutečnosti jde o jeden proces, který se snaží obojí obsloužit zároveň. Jenže server by měl startovat co nejdříve a klient až po přihlášení, což dohromady nejde.