nemam RPi, takze teoreticka uvaha, pokud by si na M.2 pridal oddil (stejny typ/velikost/format jako boot oddil na microSD), z te microSD boot oddilu do nej vse zkopiroval, a upravil cmdline.txt nebo config.txt - nejsem si jistej v kterem je definovano jaky oddil je pro rootfs, obecne bych cekal v cmdline.txt ale mozna ma RPi to v druhem ci obou :-)
tak bych pak cekal ze rebootnes (pres tebou zminenej postup s cislem toho noveho oddilu) do systemu z microSD...
to same pak udelat smer M.2 => microSD, tam si ale zaroven pohlidat aby po aktualizaci systemu na M.2 si/se soubory v boot oddilu na microSD pro M.2 system, aktualizoval(rucne)/lo(pres nejakej hook povesenej na kernel update)