Do logů se neposílá nic samo od sebe, vždycky musí někdo do logu zapsat, aby se tam něco objevilo.
Root samozřejmě může vidět vše.
To, co spouštíte v shellu, se obvykle ukládá do historie shellu a ta se obvykle ukládá na disk.
Parametry příkazové řádky i proměnné prostředí svých procesů může uživatel vidět v adresáři /proc. Parametry příkazové řádky procesů všech uživatelů si můžete vypsat třeba příkazem ps. Parametry příkazové řádky může proces po spuštění přepsat, proměnné prostředí ne. Proměnné prostředí zdědí dceřinný proces, pokud rodičovský proces neurčí jiné proměnné prostředí. Uvnitř procesu (třeba v PHP skriptu, JavaScriptu apod.) obvykle bývá snadné číst proměnné prostředí, parametry příkazové řádky uvnitř někdy není tak snadné získat.
Takže záleží na tom, jaký problém řešíte.