Odpověď bych rozdělil na několik částí:
1. Windows můžou pokazit kde co, ale obecně instalace do posledního oddílu není nic proti ničemu. Windows na UEFI ke svému rozběhnutí reálně potřebují minimálně dva oddíly - jeden EFI ze kterého se bootuje (reálně FAT32 partišna se zavaděčem a nějakým dalším smetím, jako je BCD a kdoví co ještě, tenhle oddíl ale na UEFI potřebuje prakticky jakýkoli OS) a druhý, kde jsou samotné Windows. MSR není potřeba (MSR je jen vata bez reálných dat) a Recovery partition taky není potřeba. Na Legacy OS stačí dokonce jedna partition - NTFS přes celý disk, bude to z toho umět bootovat a všechno kolem. Doporučení, jak má být Windows nainstalován, je věc jiná.
2. Windows lze docela obstojně provozovat i z USB disku, a tím myslím plnotučné Windows, ne jen WinPE. Vezme se instalačka, Rufus a řekne se, že se má udělat Windows To Go. Pak se z toho musí nabootovat a projde se normálně úvodní instalací, tvorbou účtů a tak ... a s výsledkem pak člověk může jezdit jak s kolotočem po různých počítačích (mám to tak, je to velmi užitečná věc). Jasně, licence, aktivace a tak ... ale to je vedlejší. A tedy z toho lze i aktualizovat firmware počítače, pokud to výrobce umí jen z Widlí. Osobně ovšem doporučuji za dané situace preventivně vyjmout interní disk, ale není to nezbytně nutné. Windows v režimu "To Go" mívají takový dobrý zvyk, že interní disky hodí do offline a pracují jen s tím USB, na kterém jsou.