Já osobně programuji v obojím a myslím, že je to především otázka preference autora...
Při rozhodování bych postupoval asi takto:
1) Preference autora (už může rozhodnout)
2) Udělat si analýzu toho, co budu programovat, jaké věci tam potřebuji a prozkoumat, jestli v daném jazyce jsou (např. Python nemá pointery, Perl zase nemá žádnou implementaci Posix1e ACL ) a podle toho se rozhodnout
3) Pak už jsou spíše statisticko-subjektivní (více lidí to má radši):
Na systémové skripty, parsování textů apod. spíše Perl
Na GUI spíše Python