Já nevím, jak je to na Windows, ale v Linuxu je root pánem systému. Čili může udělat cokoliv a nic před ním neukryjete.
Pokud pak takový zašifrovaný svazek uživatel někam připojí a začne ho používat, má do něj samozřejmě root v danou chvíli přístup. Root si může také například číst celou uživatelovu paměť a pokud v ní je klíč k tomu souboru, získá ho a data si kdykoliv dešifruje.
Je to tak schválně, uživatel si nesmí v systému dělat nějakou tajnou neplechu, do které by správce neviděl. Pokud chce uživatel svůj prostor, musí mít vlastní hardware. To samé pochopitelně platí i o různých virtuálních prostředích, kde má správce nadřazeného hostitele samozřejmě neomezenou moc.
Jiná situace ovšem je, když v tom počítači budou opravdu jen zašifrovaná „mrtvá“ data, která se budou přenášet někam jinam a tam až dešifrovat. Nebo to bude třeba jen záloha vytvořená a zašifrovaná jinde. Pak samozřejmě root nemá možnost si obsah přečíst, pokud neuhádne klíč nebo heslo.