Myslím, že je potřeba vybírat správnou distribuci, nikoli správný balíčkovací systém. Ten je vždy celkem nedílnou součástí distribuce a nebude jej možné snadno vyměnit.
Takže pokud uvažujete o přechodu na Linux, vybírejte pro vás vhodnou distribuci (například takovou, ke které Vám někdo poskytne podporu) a vůbec neřešte, jaký používá balíčkovací systém.