Díky.
def openConfig():
    configwindow = tk.Toplevel(root)
    configwindow.title("Config")
    configwindow.geometry("320x150")
    config = configparser.ConfigParser()
    config.read('config.conf')
    jedna = tk.IntVar()
    dva = tk.IntVar()
    tri = tk.IntVar()
    ctyri = tk.IntVar()
    jedna.set(int(config.get('modules', 'jedna')))
    dva.set(int(config.get('modules', 'dva')))
    tri.set(int(config.get('modules', 'tri')))
    ctyri.set(int(config.get('modules', 'ctyri')))
    checkjedna = tk.Checkbutton(configwindow, text="jedna", variable=jedna, onvalue=1, offvalue=0)
    checkdva = tk.Checkbutton(configwindow, text="dva", variable=dva, onvalue=1, offvalue=0)
    checktri = tk.Checkbutton(configwindow, text="tri", variable=tri, onvalue=1, offvalue=0)
    checkctyri = tk.Checkbutton(configwindow, text="ctyri", variable=ctyri, onvalue=1, offvalue=0)
    checkjedna.place(x=10, y=10)
    checkdva.place(x=10, y=30)
    checktri.place(x=10, y=50)
    checkctyri.place(x=10, y=70)
    btn = tk.Button(configwindow, text='Save',command=lambda: test(), width=20)
    btn.place(x=50, y=90)
tohle vážně funguje, když dám na konec za btn.place třeba nesmysl()
potom to vypíše neznámou funkci, ale checkbuttony jsou vyplněny. Když tam ten nesmysl nedám, jsou buttony prázdné.