Mám Debian a Ubuntu Server na flash discích (přesněji Compact Flash kartách v IDE a SATA řadičích na několika různých routerech), nikdy se mi to nerozbilo. Používám ext2 s nastavenými featurami ext3, resp. ext4 (podle toho, co zvládá jádro), ale bez žurnálu, to připojuji RO a to, co se potřebuje měnit (logy, tmp, var run, ...) připojuji jako RAM disk. Vždycky při výpadku proudu (včetně omylem vypnuté UPSky u jednoho routeru) automaticky po zapnutí proudu naběhlo napoprvé a bez problémů.
Druhá možnost by byla použít YAFFS2, používá to Google Android a zdá se, že to funguje dobře. Ale to jsem nezkoušel.