OK, ale pokud by to bylo DNSkem, tak netrvalo by to dlouho pořád?
Jsou různý situace, kdy špatně nastavený DNSko způsobuje čekání na timeout, což by prodlevám v řádech sekund odpovídalo. (U desítek už je to dost na hraně, ale asi by mohlo být)
Ikdyž asi ne, pokud by byl třeba nějak kolísavě přetížen.
Ne, to není způsobený jeho přetížením, ale špatným nastavením - buď se snaží spojit s DNS serverem, který neexistuje, nebo dostane IPv6 adresu, zkouší se tam připojit, dojde k timoutu, pak teprve zkusí čtyřku apod.
A nemáte někdo nápad, jak otestovat tu odezvu disku?
"Odezva disku" je dost mlhavý pojem. Testování propustnosti disku je docela magie - záleží, co čteš odkud, po jakých blocích, jestli náhodně nebo sekvenčně... To všechno má na výsledek obrovský vliv, hlavně u rotačních disků.
Na jednoduchý testování stačí něco ve stylu "dd if=/dev/zero of=testfile bs=1M count=1000". Na podrobnější pak jsou specializovaný softy, třeba
http://www.coker.com.au/bonnie++/Nebo není nějaký nástroj, který monitoruje celý systém a bylo by tam vidět, kde je (nejen při webových požadavcích) úzké hrdlo?
Jde o to, že kdyby to bylo nízkou výkoností serveru, tak OK, pořádím lepší, ale nerad bych pořídil lepší a byl tam kde jsem 
Tak jednoduše to bohužel nejde. Činnost serveru od lowlevel úrovně zápisu jednotlivých bloků na disk až po nějaký servírování webu je dost komplexní záležitost. Vesměs všechno, co se dá vytěžit, ti dá ten Munin, spíš jde o to, jestli to budeš umět interpretovat, to je hodně o zkušenosti, znalosti toho konkrétního OS a i tak je to dost černá magie... A u virtuálu je to už úplně úlet... Nečekej žádnej nástroj, kterej bys spustil a on by i vyplivl "hele, nějak ti nestíhá disk".