Na Eclipse potřebuješ hlavně Javu. Pokud chceš opensource Javu, potom bude vyhovovat téměř jakákoli distribuce, OpenJDK najdeš snad všude. Pokud chceš Oracle JDK, tak je to trošku horší. Nicméně Ubuntu má k tomu PPA, které jde použít i na Debianu. Měl jsem s instalací Oracle Javy problémy (=šlo to, ale bylo s tím spousta ruční práce) na Fedoře, ale to už nemusí být pravda. Na Gentoo to kdysi fungovalo poloautomaticky (tzn. ručně stáhnout jeden soubor), nevím, jak je to dnes.