linux alternativa k Program Files je /usr/bin/ 
Pro upřesnění: v GNU/Linuxu nic jako „Program Files“ neexistuje – místo aby byly všechny soubory namatlané v jednom adresáři, jsou rozdělené podle své povahy
- /usr/bin – spustitelné binárky
- /usr/lib – knihovny (taky binárky, ale přímo nespustitelné)
- /usr/share – data programů: různé obrázky, manuály, zvuky, videa, statické databáze atd.
- /var – měnící se data
- /etc – systémová konfigurace (osobní budou mít uživatelé ve svém domácím adresáři)
Mj. to umožňuje šikovně rozhodit soubory na různé disky – např. usr, lib, share můžeš mít třeba na síťovém disku, který je pouze pro čtení a je spravovaný centrálně, v /etc máš ale konfiguraci daného stroje a ve /var jeho měnící se data (to můžeš dát zase na nějaký rychlý disk).
Pak se ještě používá:
- /bin – základní systémové příkazy
- /sbin a /usr/sbin – příkazy určené pro správce systému.
- /opt – dodatečně nainstalované programy (nezávisle na správci balíčků), tady často splývají binárky, knihovny a statická data
- /usr/local/bin,share,lib… – ručně instalované programy ze zdrojáků
Více viz
Linux Filesystem Hierarchy.