Tohle bohužel nemá ideální řešení, nebo jsem ho nenašel. Váš případ je ještě celkem v pohodě, protože to je stejné jako chtít upravovat jakýkoliv balíček distribuce.
Můj případ je horší. Mám definované vlastní rozložení klávesnice nahrané v xkb. Problém je, že flatpak aplikace nepoužívá rozložení ze systému, ale nese si svoji kopii těch základních rozložení. Systém mu nahlásí, že má použít moje rozložení. On ho ale u sebe v těch základních nemůže najít, tak aplikace prostě nenastartuje.
Abych mohl aplikaci používat, tak musím s každým upgrade aplikace rozložení znovu nahrávat.
I