A podle jakého klíče bys ty soubory chtěl pojmenovávat, když budou mít duplicitní název?
Jinak na tohle použiješ příkazy find a xargs. Ten první najde všechny soubory a předá je přes rouru tomu druhému a ten postupně použije názvy souborů jako argument nějakého příkazu – v něm můžeš přidávat pořadové číslo nebo třeba hash celé cesty k souboru – např. <původní_název>.<zkrácený_hash>.<původní_přípona>
Takže ze soubor.txt v jednom adresáři by se stalo třeba soubor.be688838.txt a ze stejně pojmenovaného souboru v jiném adresáři pak soubor.ca8686e5.txt.