Povívej se na:
Alternatives to Evernote.
Osobně si píšu poznámky do Mercurialu*, takže nic z těch nástrojů doporučit nemůžu, ale znám lidi, kteří používají Zim a CherryTree.
*) není to pro každého, ale mně to vyhovuje – mám všechny poznámky verzované, vím, co jsem kdy napsal, mám k tomu i komentáře, proč jsem to tak napsal, jdou tam ukládat i skripty a programy, které tam jsou jako normální soubory (takže jdou kompilovat/spouštět, aniž bych je musel předem z poznámkovacího nástroje nejdřív vykopírovat), můžu to editovat v libovolném editoru, prohledávat se to dá standardními nástroji (find, grep, vyhledávání v KDE, JEdit, případně nějaké desktopové indexování)
BTW: nedávno tu byla zprávička o editoru
Formiko – v levé části píšeš zdroják v MarkDownu a v pravé se ti zobrazuje náhled. Něco takového bych do svého systému jednou chtěl zapracovat. Nebo ještě lépe nějaký
WYSIWYM editor, abych nemusel psát ten zdroják.
Taky doporučuji Bystroušákův zápisek
Zrcadla - proč používat osobní wiki a následnou diskusi, kde se tohle téma řešilo.