Samotný linux resolvuje (pracuje) v main table. Některé operace lze přiohnout, aby i provoz přímo z toho stroje (routeru) šel přes jinou table, ale základem originuje v main.
Tím pádem resolve i ostatní operace v linuxu jedou v main table. Obávám se, že zrovna resolve neohnete nijak.
VRF je určené opravdu jako router - tedy jako pravidla mezi příchozím a odchozím interfacem, nikoliv pro samotný vnitřní traffic.
Pokud hledáte nějaké aspoň trochu přijatelné řešení, pak jediné, co mě napadá, je místo Linuxu FreeBSD, v něm spustit druhý jail a ten druhý jail může běžet pod jinou FIB (jiné řešení pro VRF, než má Linux). Potom má celý jail i jiný /etc/resolv.conf.