Bash je multiplatformní – dá se provozovat na různých systémech, takže můžeš mít jen jedny skripty.
Případně bych si vytvořil vlastní (meta)jazyk, který by se kompiloval do skriptů v různých jazycích (místo abych parsoval nějaké „baťáky“). Záleží, co všechno potřebuješ, ale pokud ti stačí IF, FOR, čtení proměnných a spouštění příkazů případně roury, tak to bude jednoduché. Může to být klidně XMLko + XSLT šablony pro jednotlivé jazyky.