Cestu můžeš psát celou, bez proměnné. Jinak přijde ten export do .bashrc.
== /home/<user>/.bashrc:
export SCHRODINGER=/opt/schrodinger2018-1
Nemyslím si, že je potřeba to spouštět pod rootem. Pokud ano, tak bych zůstal u spouštění přes sudo. Jestli ti vadí psát před příkaz sudo, tak můžeš udělat alias.
== /home/<user>/.bashrc:
alias maestro="sudo '$SCHRODINGER/maestro'"
A jestli ti vadí zadávání hesla, tak ho můžeš zrušit.
== /etc/sudoers.d/schrodinger:
# komplet schrodinger bez hesla
# <user> ALL = (root) NOPASSWD: /opt/schrodinger2018-1/
# jen maestro bez hesla
<user> ALL = (root) NOPASSWD: /opt/schrodinger2018-1/maestro