Sice ne přímo v Debianu, ale používám GNOME (od 3.32 přes novější 40-47) a graf. terminál (Gnome Terminal, Gnome Console - kgx) na víc různých distribucích, také s Waylandem a nikdy se mi popisovaná věc neděla.
Nemůže to být problém nějakého přizpůsobení, nebo rozšíření v Gnome Shellu, či použitého terminálu?
Zkusil bych si vytvořit nového uživatele, nechat všechno ve výchozím nastavení (žádný Classic nebo přidávání dalších rozšíření) a zkusit problém replikovat.
Případně to pak ještě zúžit a ověřit, jestli se to děje i s jinou aplikací pro terminál, např. Kitty, aby se rozlišilo, jestli je to záležitost Gnome Shellu.