Záleží na tom, jaký systém chcete používat primárně, jaké aplikace z jakého systému využívate nejvíc.
Předpokládám, že mluvíme o koncové stanici (desktop, notebook).
Na pracovním stroji mám Windows 10 a v něm WSL2 pro docker a další. Je to firemní image s restrikcemi, ale WSL2 naštěstí použít lze. Funguje to, ale neustále hledám ideální pracovní workflow a jsem ve stavu "jde to, ale dře to".
Hlavní problém: diskové operace jsou *výrazně* rychlejší pod WSL. Kompilace velkého projektu mavenem, build docker image (přes maven fabric8 plugin)... Nejsou to procenta, ale násobky! Takže se snažím co nejvíc práce směrovat do WSL a nativní Windows nechat ideálně jako podvozek na aplikace pro sekretářky (powerpoint apod.), proprietární VPN etc. No jo, ale: IntelliJ IDEA ale velký projekt z linuxu neotevře (nebo už jo, zlepšují to, ale žere to *opravdu hodně* RAMky a lepší stroj než 32 GB nezískám, navíc je to pak celé pomalejší). IntelliJ z linuxu spustit lze (WSLg), ale má to problémy. Skončil jsem na tom, že mám kód (checkout gitu) pod WIndows (edituju to normálně v IDE spuštěném pod Windows) mirror zdrojáků ve WSL (a zautomatizovaný sync) a nějak to jde, celkem se to zajelo a nějak jsem schopný takhle pracovat, ale je to drbání se loktem za opačným uchem.
Různé antiviry a "šmírovací" agenti, kteří nevidí, nebo omezeně vidí do virtuálního disku (ale zpomalují všechny operace nad nativním NTFS) budou hrát roli. Na tom firemním stroji je rozdíl v rychlosti diskových operací fakt tragicky v neprospěch Windows vs. WSL. Ale i když jsem si zkoušel porovnání (dualboot na stejném stroji) s "čistým" systémem, vždy mi Linux vycházel co do rychlosti lépe. Dokonce kompilace javy byla rychlejší ve virtuální mašině (VirtualBox) spuštěné pod Windows než přímo na Windows. Defender, indexing apod. jsem měl povypínané, ale nedokázal jsem docílit toho, aby to bylo stejně rychlé. Linux vedl, o parník. Může to být issue skill, třeba se nekamarádím s Windows a ony se mnou :-)
No na soukromém ntb mám Ubuntu a WIndows 11 pod VirtualBox VM (a tu ani nestartuji moc často) a jsem spokojen.