Nastavit pořádně přístupová práva na filesystému, aktualizovat wp, zablokovat ostatní přístupové kanály k adresářům (ftp, ssh)... Může to mít libovolně mnoho příčin.
Píšeš, že máš root přístup a možnost libovolně konfigurovat stroj. A protože se ptáš zrovna na takový dotaz, obával bych se, že celý systém může být značně děravý a nebezpečně nakonfigurovaný.