Pokud se nepletu tak u Apache HTTPD to funguje tak, že když jméno serveru neodpovídá žádnému VirtualHostovi, použije se definice prvního VirtualHosta v pořadí. Takže když chceš používat VirtualHosty, je vhodné jako prvního virtualhosta nadefinovat to, co jsi měl předtím přímo v konfiguraci httpd. K tomu nejspíš taky sloužil ten soubor 000-default, který jsi zrušil. Proč jsi to dělal?
BTW: Takhle vypadá 00-default-vhost.conf v Gentoo:
# When virtual hosts are enabled, the main host defined in the default
# httpd.conf configuration will go away. We redefine it here so that it is
# still available.
#
# If you disable this vhost by removing -D DEFAULT_VHOST from
# /etc/conf.d/apache2, the first defined virtual host elsewhere will be
# the default.
<VirtualHost *:80>
ServerName localhost
Include /etc/apache2/vhosts.d/default_vhost.include
<IfModule mpm_peruser_module>
ServerEnvironment apache apache
</IfModule>
</VirtualHost>
</IfDefine>
A v default_vhost.include jsou pak direktivy jako DocumentRoot, ServerAdmin, atd.