Jak už bylo receno vyse, rsync je tvuj kamarad. Konkretne parametr -b spolu s --backup-dir=DIR, to by melo zpusobit synchronizovani, ale vse co se na "prijimajicim" konci zmeni, se predtim zazalohuje tam, kam tomu reknes pomoci --backup-dir.
Predtim si ale precti man rsync, protoze urcite budes chtit pridat i jiny parametry - treba na kopirovani symlinku, povoleni mazani souboru na "prijimaci" ktere na "vysilaci" nejsou atd...
Pokud to chces provest bez samotne synchronizace, tak si nejsem jisty jestli to jde bez provadeni syncu na kopiich, v tom pripade ale urcite pujde vymyslet cistsi reseni pomoci diffu a krmeni vystupu pro cp.