Ano, může to být problém při nedostatku místa. Desktopová prostředí (KDE či GNOME) při přihlašování zapisují nějaká data do domovského adresáře a pokud je tam nedostatek místa, nezdaří se jim to a tím pádem se nezdaří přihlášení. Superuživatel root má pro sebe rezervovanou nějakou část diskové kapacity, proto se přihlásit dokáže. Zkuste na disku/partition, kde se nachází váš domovský adresář, smazat nějaké soubory, nebo třeba je přesunout na externí disk, pokud o ně nechcete přijít. V konzoli je pro přesun příkaz "mv".
Druhou teorií může být, že tam je nějaký problém v přístupových právech.