Nějaké řešení jako má Windows na sdílené složky neexistuje? Myslím odeslat všechny soubory ze složky do složky.
Samozřejmě, že existuje. Můžeš použít NFS, FTP, SSHFS, AFS nebo i tu Sambu. Doporučoval bych cokoli založeného na SSH (to je nainstalované snad na každém linuxovém stroji), buď se připojíš přes sftp, nebo použiješ scp nebo si připojíš vzdálený systém přes sshfs – jednoduché a bezpečné.
Pokud máš rychlou (gigabit) ale bezpečnou síť + pomalý procesor, který by to brzdil, tak můžeš zkusit něco bez šifrování – třeba ten přenos přes netcat (nc) nebo FTP, NFS…