Ano, kompatibilní by měly být. Seeduino je postavené ze SMD součástek, takže není snadné (případně) vytáhnout procesor a strčit do desky jiný, kdyby třeba Atmel začal dělat ATMega648. Takže pokud uvažujete nad tím, že někdy budete s Arduinem experimentovat až tak, že v něm budete prohazovat (nebo odpalovat) procesory, tak Arduino...
Otázka je, jaké možnosti ve své "domácí dílně" máte. Pokud nemáte nic, jen místo na stole, a chcete se rychle dostat k základní výbavě, tak celý pack. Pokud ale máte doma nějaké ty LED, dráty (mně se osvědčil rozpletený UTP kabel), odpory nebo kontaktní pole, nebo pokud víte kam si pro ně zajít a jaké koupit, tak si vystačíte jen s deskou, zbytek seženete v kusových množstvích.