to už je jednoduší spustit daný program v chroot a prostě se podívat co si tam změnil, nemusím pak diffovat celý systém, pro ty méně schopné je možné stejnou věc udělat v dockeru.
Pokud nemám podezření, že daný program maskuje svoji činnost, je nejsnažší na daný proces spustit lsof a sledovat, kam všude zapisuje.